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Sujets de thèse
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DRF : Sujet de thèse SL-DRF-20-0706

DOMAINE DE RECHERCHE
Bio-informatique, simulation bio-moléculaire / Sciences du vivant
INTITULÉ DU SUJET Français English

Impact des changements environnementaux sur l’activité des communautés planctoniques associées aux récifs coralliens

RÉSUMÉ DU SUJET

Les récifs coralliens sont très sensibles aux modifications environnementales. Les projections estiment que 99% d’entre eux seront menacés et dramatiquement transformés en 2050. En particulier, le processus de blanchissement des coraux, induit par les vagues de chaleur dans l’océan Indien et l’océan Pacifique, décime de plus en plus les coraux. Si les mécanismes moléculaires du blanchissement des coraux sont très étudiés, au contraire l’impact des changements environnementaux et de la mortalité des colonies de coraux sur la communauté planctonique sont beaucoup moins caractérisés. Il y a au moins deux explications à cela. i) Les récifs coralliens sont les écosystèmes océaniques les plus divers avec des millions d’organismes vivant à l’intérieur ou autour des récifs dont beaucoup n’ont jamais été étudiés. ii) Les communautés planctoniques peuvent être très différentes d’une île à l’autre, c’est pourquoi il est très difficile d’obtenir une description globale de ces communautés à l’échelle d’un océan. Ce projet de thèse a pour but de comprendre comment la communauté planctonique associée au récif corallien est affectée par les changements environnementaux et quels sont les organismes qui pourraient avoir un rôle dans les capacités de résilience des récifs coralliens. Pour répondre à ces questions nous proposons de caractériser l’activité planctonique de nombreuses îles de l’océan Pacifique en utilisant les centaines d’échantillons d’eau collectés au cours de l’expédition Tara Pacifique (2016-2018) et séquencés au Genoscope. La première tâche sera de reconstruire les génomes et/ou transcriptomes eucaryotes à partir des séquences métagénomiques ou métatranscriptomiques puis une comparaison de la diversité génétique et de l’activité transcriptomique de ces organismes entre les récifs coralliens sera réalisée. Enfin, les résultats obtenus seront comparés aux paramètres physico-chimiques mesurés pendant l’expédition et des corrélations avec les évènements de blanchissement passés ou récents de ces récifs seront testés.

FORMATION NIVEAU MASTER RECOMMANDÉ

Master 2 en génomique et/ou bio-informatique

INFORMATIONS PRATIQUES
Institut de biologie François JACOB
Genoscope - Centre national de séquençage
Laboratoire d’analyses bioinformatiques des séquences
Centre : Fontenay-aux-roses
Date souhaitée pour le début de la thèse : 01/10/2020
PERSONNE À CONTACTER PAR LE CANDIDAT

Quentin Carradec  

CEA
DRF/JACOB//LAGE
2,rue Gaston Crémieux 91000 Evry

Téléphone : +33 1 60 87 36 26

DIRECTEUR DE THÈSE

Patrick Wincker

CEA
DRF/JACOB//ISSB
Genoscope