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Sujets de thèse
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DRF : Sujet de thèse SL-DRF-20-0563

DOMAINE DE RECHERCHE
Biochimie / Sciences du vivant
INTITULÉ DU SUJET Français English

Peptides antimicrobiens SCIFF, une alternative potentielle aux antibiotiques conventionnels

RÉSUMÉ DU SUJET

L’OMS a identifié la résistance aux antibiotiques comme étant l’une des menaces majeures pour la santé humaine. Selon le dernier rapport O’Neill, la prédiction du nombre de décès en lien avec l’antibiorésistance est estimée à 10 millions en 2050. Cette situation amène les scientifiques à trouver de nouvelles molécules, idéalement naturelles, dont la structure et le mode d’action diffèrent par rapport aux antibiotiques conventionnels, pour pallier les phénomènes de résistance. Une alternative potentielle concerne les peptides antimicrobiens RiPPs (ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides) sécrétés par des bactéries. Ces composés sont produits sous forme d’un pré-peptide modifié post-traductionnellement pour aboutir à la forme active. De nombreux travaux montrent que le microbiome intestinal joue un rôle très important dans la santé de l’hôte. Parmi les mécanismes mis en œuvre, la production de peptides antimicrobiens apparait importante. Nos recherches s’intéressent à la bactérie Ruminococcus gnavus présente dans le tractus digestif d’environ 90% des individus sains. Une analyse bio-informatique du génome de R. gnavus E1 a permis d’identifier un gène codant pour un peptide riche en cystéines nommé SCIFF et un autre gène, en amont, codant pour une protéine de maturation contenant le motif CX3CX2C caractéristique des enzymes radical-SAM. A ce jour, seulement quelques peptides SCIFF ont été décrits dans littérature et leur activité antimicrobienne n’a pas été étudiée. Au travers de ce projet nous nous intéresserons à la biosynthèse du peptide maturé et à sa caractérisation biochimique et structurale. Un axe des recherches abordera les relations structure/activité afin de définir la séquence minimale et le motif structural nécessaires à une efficacité optimale. Une part importante du projet sera consacrée à l’activité biologique du peptide SCIFF et de ses dérivés sur des pathogènes de laboratoire et des souches cliniques résistantes et multi-résistantes, et à l’évaluation de son innocuité pour l’homme.

FORMATION NIVEAU MASTER RECOMMANDÉ

Biochimie Microbiologie

INFORMATIONS PRATIQUES
Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble
DIESE
Chimie et Biologie des Métaux
Centre : Grenoble
Date souhaitée pour le début de la thèse : 01/10/2020
PERSONNE À CONTACTER PAR LE CANDIDAT

Victor DUARTE  

CNRS
DRF/IRIG/DIESE/CBM/BIOCAT
CEA/Grenoble
17, Rue des Martyrs
38054 Grenoble cedex 09

Téléphone : +33 4 38 78 91 16

UNIVERSITÉ / ÉCOLE DOCTORALE
Université Grenoble Alpes
Chimie et Sciences du Vivant (EDCSV)
DIRECTEUR DE THÈSE

Victor DUARTE

CNRS
DRF/IRIG/DIESE/CBM/BIOCAT
CEA/Grenoble
17, Rue des Martyrs
38054 Grenoble cedex 09